電子申告にすると以下のようなメリットがあります。
（法人の場合）
・押印郵送の手間がはぶけます
従来は税理士と内容確認のためのミーティングして、もう一度押印・郵送のためのミーティングが必要で、最低でも２度ミーティングが必要でした。電子申告にすると、内容確認後税理士にまかせれば送信してくれます。
・修正手続きも容易に
申告期限内なら何度でも確定申告書は提出できますので、あとから節税方法がみつかっても手間無くその都度申告（送信）できます。もちろん期限後の修正申告も電子申告でＯＫ
・届け出もあわてずに
消費税の選択届や減価償却・棚卸方法の届出など期限がシビアな届け出も電子申告をつかえば、期限ギリギリでも慌てず届出できます。
・銀行にも提出ＯＫ
通常の書面申告書と同じ扱いになっておりますので、電子申告書でも従来の申告書同様に金融機関は取り扱っています。銀行によっては電子申告による有利な融資制度を用意しているところもあります。
・地方税にも対応
面倒な都道府県税事務所・市区町村役場への提出も電子申告が対応。大量の封筒を作成して送付する手間がはぶけます。
（個人の場合）
・電子申告で税金控除
電子証明書等特別控除が適用でき、税金がやすくなります。（４０００円～３０００円）
（ただし税理士に依頼する場合は、適用されません）
・添付書類の省略
源泉徴収票や医療費領収書など一部書類の提出の省略がみとめられています
・転記の省略
電子申告対応会計ソフトなら、自動的に送信できる状態にデータ変換してくれます。転記の手間やミスをなくすことができます。
